Un estudio de vigilancia activa del genoma del virus del Sars Cov 2 realizado por un grupo de investigadores de la Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas de la UNR reveló que la variante Gamma (Manaos) es la de mayor circulación con un 85% en Rosario y en el sur de Santa Fe.
La investigación se realizó sobre una muestra de 180 casos positivos que corresponden a los meses de mayo y junio de este año durante la segunda ola de la pandemia provocada por el coronavirus. Allí, se determinó que el 85% pertenece a la variante Gamma (Manaos) en tanto que en menor proporción se observa la presencia de las variantes Lambda (Andina), Alpha (Gran Bretaña), y Epsilon (California).
El objetivo es realizar la vigilancia activa de las variantes circulantes de Sars-Cov 2 en el sur de la provincia en el contexto de las cepas mundiales a fin de evaluar eventuales impactos en el diagnóstico, la prevención y la efectividad de las vacunas.
Para llegar a los resultados, el equipo de científicos utilizó las capacidades técnicas y el recurso humano recientemente formado en los Centros de Diagnóstico de COVID- 19 que funcionan en el Centro de Tecnología en Salud Pública (CTSP) y en el laboratorio del Hospital Eva Perón en Granadero Baigorria, ambos dependientes de la facultad.
La muestra se conformó del 10 % de los casos positivos de circulación comunitaria que se analizan semanalmente cumpliendo tres condiciones: que provengan de la ciudad de Rosario y de las localidades que presenten la mayor cantidad de contagio, que no tengan antecedentes de viaje, y que los casos no tengan relación por contacto estrecho.
Se utilizaron muestras de extraído de hisopados nasofaríngeos de pacientes con diagnóstico COVID-19 que hayan sido analizadas por metodología de RT-qPCR en los Centros de Diagnósticos mencionados.
Para la implementación del estudio se utilizó en una primera etapa la tecnología de secuenciación de secuencia larga (Oxford Nanopore Technology) que permite secuenciar el genoma completo del virus a través de la secuenciación de moléculas de gran tamaño. En esta segunda fase, se implementó la metodología de vigilancia activa del virus que solo analiza un fragmento del gen S del SARS-CoV-2 mediante RT-PCR, porque en esa parte se encuentran las principales mutaciones que determinan las nuevas variantes del virus.
Vanina Villanova contó que el proyecto de investigación comenzó a gestarse el año pasado: “Inicialmente las tareas del grupo comenzaron en 2020 a través de un proyecto COFECYT en donde se desarrolló localmente el análisis de secuencia de 96 muestras de SARS-COV-2 positivas a través de una tecnología de secuenciación de secuencia larga”, expresó.
Con la llegada al país de nuevas variantes del virus, la facultad asumió el desafío de dar una respuesta eficiente y rápida que ayude a entender la evolución de esta enfermedad: “Se comenzó a utilizar la tecnología que proponía el proyecto PAIS de vigilancia activa para saber qué está pasando semana a semana con las variaciones que tiene el virus en su genoma y cuáles son las cepas que están circulando en nuestra región, utilizando las capacidades ya instaladas y los recursos humanos capacitados con que cuenta nuestra universidad”, explicó la directora del Laboratorio de Biotecnología Acuática / FBIOyF.
En el mismo sentido, Adriana Giri, coordinadora general de la investigación comentó: “Sabemos que estas variantes tienen capacidades diferenciales respecto al virus que circuló el año pasado, tienen mayor capacidad de infección y mayor capacidad de contagio, y por lo tanto se hace necesario ejecutar acciones más rápidas. En nuestra región la cepa predominante es la Gamma y hasta el momento no se han detectado las variantes de la India o Sudáfrica.”
La responsable del proyecto resaltó el proceso de investigación que involucró a distintos actores del Estado y del ámbito privado. “Por suerte tuvimos el acompañamiento de la provincia, de las autoridades de la Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas y de la Universidad Nacional de Rosario, el aporte del Proyecto PAIS, y del laboratorio privado CIBIC que con recursos propios se suma a esta iniciativa de vigilancia activa”, manifestó Giri, quien además, anunció que se trabajará en forma conjunta con el segundo centro de secuenciación que está localizado en el Nodo Rafaela.
El decano de la Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas consideró que la investigación de calidad es un sello de la unidad académica, y felicitó a los científicos por su flexibilidad y rápida adaptación al contexto de pandemia: «Nuestras capacidades técnicas y científicas se pusieron a disposición para el abordaje primero del análisis diagnóstico de COVID-19 a través de la técnica de PCR desde Julio del año pasado, fuimos el segundo efector público de la ciudad en realizarlo. Ahora con la vigilancia activa de variantes nos ponemos a la vanguardia en la provincia. Para concretar estos objetivos desde la realizamos muy importantes inversiones propias y en conjunto con la UNR que llevaron al Centro de Tecnología en Salud Pública a ser un referente local y aumentar la capacidad de trabajo del equipo de secuenciación. Agradecemos también a las autoridades provinciales por la coordinación y apoyo”.
Del proyecto de vigilancia activa participan más de 30 científicos de organismos públicos y privados: Centro de Tecnología en Salud Pública (CTSP/FBIOyF) y Hospital Provincial del Centenario, Ana Laura Cavatorta, Julián Acosta, Eduardo Codino, María Belén Martí, Lucía Moriena, Alejandra Asueta, Laureana Villarreal, Ailén Ponzi, Camila Bogado, Lucía Porfiri, Paula Díaz Viñuela, Florencia Dassie; IDICER-CONICET-UNR: Silvana Spinelli; Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática/ FBIOyF y Ministerio de Producción Ciencia y Tecnología de Santa Fe, Silvia Arranz, Vanina Villanova, Victoria Posner; Grupo “Virología Humana” (IBR-CONICET/UNR) y FBIOyF, Adriana Giri, Elisa Bolatti, Pablo Casal, Agustina Cerri, Diego Chouhy, Florencia Re, Gastón Viarengo; CIFASIS-CONICET-UNR, Ignacio Garcia Labari, Joaquín Ezpeleta, Flavio Spetale, Javier Murillo, Laura Angelone, Sofía Lavista Llanos, Pilar Bulacio, Elisabeth Tapia; CIBIC Laboratorio, Javier Sfalcin, Analía Seravalle, Clara Fay, Martina Fay, Mariana Galizzi, Fabián Fay y Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2, Mariana Viegas.
