Un grupo de investigadoras e investigadores, a cargo de la viróloga Adriana Giri, estudia desde hace meses el gen de coronavirus que circula en Santa Fe. Lo hace a través de un equipo de bajo costo, con una estrategia innovadora, luego de ser seleccionado por el gobierno nacional en la segunda convocatoria del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. En noviembre, el grupo subió la primera muestra santafesina a la plataforma internacional de vigilancia genómica: fue de un paciente asintomático de la localidad de Totoras. En la actualidad, quienes investigan lleva recolectadas más de 2 mil muestras y completaron la secuenciación de 96. El objetivo es conocer las variantes que circulan en la región para advertir si hay alguna mutación relevante, tomar medidas para controlarla y evitar que se propague.
Árbol genealógico
La estrategia desarrollada permite secuenciar el genoma completo del Sars-Cov-2 a partir de muestras clínicas de pacientes del sur de Santa Fe. Emplea un equipo de bajo costo – mil dólares en comparación con los usuales de 100 mil y 250 mil dólares- permite descentralizar la tarea y desarrollarla en distintos laboratorios. “Originalmente el proyecto buscaba secuenciar regiones del virus, pero fuimos por más y buscamos genomas completos. En una misma reacción buscamos incrementar el número de muestras clínicas a ser secuenciadas para abaratar el proceso”, explicó Giri.
El grupo empezó a trabajar a mediados de 2020 en el Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática, ya que las restricciones de la pandemia mantuvieron cerrados los institutos de investigación. Comenzó con 11 muestras, luego procesó 48 y en la última prueba usó 96. “Nos va a permitir acercarnos un poco más a hacer vigilancia genómica del virus”, agregó la investigadora.
Giri mencionó que entre las primeras 11 muestras subidas en noviembre a la base genómica internacional hay una de Santa Fe. “Las primeras 10 llegaron de Buenos Aires y 1 de Santa Fe que fue la primera de la región subida a la plataforma internacional. Correspondió a un hombre de 56 años, asintomático, con residencia en la localidad de Totoras”, contó la viróloga y señaló que en la actualidad llevan recolectadas más de 2 mil muestras cedidas por el Hospital Centenario y el Eva Perón.
El equipo fue contactado por el consorcio argentino de genómica que lidera Mariana Viegas y se convirtió en el octavo nodo para cubrir las secuencias del sur de Santa Fe y el norte de Buenos Aires y Entre Ríos.
“Cuando aparece una variante hay que chequear que ingresó al país para tomar medidas necesarias y evitar que se disemine y que haya circulación comunitaria. A medida que circula, la cepa se va adaptando y superando la limitación del sistema inmunitario de cada paciente. Hay que tener una estructura que permita verificar qué circula en cada región para denunciar si aparece algo nuevo y tomar las medidas correspondientes”, explicó.
Variantes
Giri explicó que hasta el momento existen tres variantes del virus a nivel mundial: la de Reino Unido, que ya se encontró en más de 70 países, una de Sudáfrica y otra de Brasil. “La particularidad es que acumularon una serie de mutaciones en el gen S o Spike que codifica para la proteína que participa en el proceso de infección. Puede afectar la efectividad de las vacunas, la especificidad de los diagnósticos y, de desarrollarse, la efectividad de algún antiviral. De todas formas, las pruebas que se han hecho con algunas vacunas muestran que no estaría afectando la efectividad”, señaló.
En cuanto a la variante británica, la única que hasta el momento fue registrada en el país, Giri informó que es entre un 30 y un 50 por ciento más contagiosa, aunque no más letal. “Sin embargo, si contagia al doble de personas termina siendo más letal, no por lo virulenta sino porque satura el sistema de salud”, aclaró.
Giri explicó que existen dos tipos de mutaciones a nivel del ARN: sinónimas cuando no transforma la proteína; y no sinónimas, cuando la mutación de ARN sí produce cambios. “Las mutaciones del gen S son las más relevantes y las que primero saltan cuando hay una variante nueva. La Spike es la proteína que participa en el proceso de infección. La mutación se traduce en una mayor afinidad de la proteína S por el receptor de la célula y eso hace que tenga mayor capacidad de contagio. El virus mimetiza la llave para entrar a la célula. La variante británica tiene una ganzúa más eficiente”, amplió.
La viróloga aclaró que cuánto más circula el virus en la sociedad, más infecciones puede generar y más evoluciona. Por eso, recomendó sostener los cuidados sanitarios y la prevención para evitar que la variante se propague y se vuelva comunitaria.
“La inmunidad de rebaño es una utopía. No es una epidemia, sino una pandemia de un virus muy contagioso. Hasta el momento ningún país logró reducir la transmisión a cero sin vacunas. No es una infección leve en todos los individuos. Hay un 20 por ciento que la transita de forma grave, de los cuales un 5 por ciento va a tener que recurrir a cuidados intensivos. La enfermedad tiene una mortalidad de entre un 1 y 2 por ciento que satura cualquier sistema de salud”, señaló.
Locales
Giri precisó que en Argentina hay circulación local de diferentes variantes. “La cepa llegó desde Buenos Aires, hizo foco en Rosario y el sur provincial y siguió hacia el norte. Antes de ese foco, pacientes de Chaco pasaron la infección al norte de Santa Fe. Hubo distintas dinámicas de circulación en la provincia”, explicó.
La primera cepa identificada en Santa Fe correspondió a un hombre de la localidad de Totoras que presentó un linaje argentino. Fue inicialmente introducida al país en marzo desde Estados Unidos, llegó al Amba en mayo y fue identificada en la provincia en julio. “Ya adquirió características propias de circulación comunitaria argentina. Las muestras de Buenos Aires son de linajes ya descriptos. En las nuevas que estamos analizando se repiten los linajes que habíamos obtenido”, señaló, y estimó que el virus genera una o dos mutaciones por mes. “La circulación local habla de cambios en la secuencia del ARN asociadas a nuestra región. En cada lugar del mundo, en una población dada, se dan pasajes de la misma cepa que, a medida que van pasando de individuos, acumulan ciertos cambios característicos de cada región”, agregó Giri y adelantó que desde febrero sumará las muestras obtenidas por el consorcio a las del INTA de Rafaela para estudiar el origen, la transmisión y la adaptación de las variantes a la región. Más adelante, buscarán aplicar el sistema al gen S para conocer las secuencias más recientes y hacer una vigilancia activa.
El proyecto
Secuenciación multiplex de Sars-Cov-2 en muestras clínicas fue desarrollado por docentes-investigadores de cuatro institutos de doble dependencia de la UNR. Desde la Facultad de Bioquímicas e IBR-Conicet participan Adriana Giri, Elisa Bolatti, Pablo Casal, Diego Chouhy, María Florencia Re y Gastón Viarengo; por el Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (FBIOyF/Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación de Santa Fe), Silvia Arranz, Vanina Villanova y Victoria Posner; por la Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura y Cifasis-Conicet, Elizabeth Tapia, Pilar Bulacio, Javier Murillo, Flavio Spetale, Laura Angelone, Joaquín Ezpeleta e Ignacio García Labari, por la Facultad de Ciencias Médicas e Idicer-Conicet, Silvana Spinelli.
De corte local: avanzan en una estrategia rosarina para conocer las variantes del coronavirus
