El Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (INTA Rafaela-Conicet Santa Fe) y el Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez porteño son los encargados de realizar la secuenciación de genomas completos del virus sars-cov-2 detectados en la ciudad de Santa Fe y el conurbano bonaerense.
Es en el marco del proyecto “Genómica de los virus SARS-CoV-2 productores de COVID-19 en Argentina. Análisis integral de aspectos genéticos, clínicos y evolutivos de cepas autóctonas y su impacto en el diagnóstico y la epidemiología local y global”. Se trata de una de las 64 iniciativas seleccionadas en la Convocatoria que financia la Agencia Nacional de Promoción de la Investigación en el ámbito del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación y el Conicet.
El proyecto, dirigido por Mariana Viegas, construye conocimiento actualizado de las diferentes variantes que circulan en el país a través de la obtención de secuencias de genomas de Sars-cov-2, análisis filogenéticos, filogeográficos y de asociación clínico-epidemiológicos derivados. El trabajo es realizado desde el Laboratorio del Hospital Gutierrez.
Las investigadoras de este laboratorio analizan allí las variantes del virus que circulan en el país. Frente a la emergencia de nuevas variantes del virus en el Reino Unido y en Sudáfrica, el equipo desarrolló una metodología más ágil para monitorear en tiempo real la potencial aparición en nuestro país.
En diciembre del año pasado, Viegas y su equipo fueron distinguidos por Google con su Premio de Investigación para América Latina debido a su alto impacto en la búsqueda de soluciones para los desafíos de la región a través del uso de la tecnología.
El proyecto
El objetivo inicial de este proyecto es caracterizar las distintas variantes del virus que circulan en la Argentina a través de la secuenciación de su genoma completo. “Nos propusimos descentralizar la secuenciación para responder a nivel local” destaca Viegas. Como resultado, utilizan muestras provenientes de centros de diagnóstico de la Ciudad de Buenos Aires, la provincia homónima, Neuquén, Tierra del Fuego, Río Negro, Córdoba y Chaco para evaluar posibles cambios en el genoma que puedan afectar el diagnóstico o la respuesta al tratamiento.
Durante la etapa inicial de la pandemia, el proyecto se propuso identificar las rutas de acceso por las que el virus ingresó al país a través de los pacientes con antecedente de viaje a zonas ya afectadas por covid-19.
En la siguiente fase, se analizó la circulación viral autóctona o comunitaria y el establecimiento de circuitos locales de transmisión mediante una integración de la información epidemiológica y genética.
En paralelo, se avanzó en la comparación de la distribución de las variantes del virus en las regiones geográficas argentinas, permitiendo rastrear su diseminación. Se planea realizar estudios de correlación de las variantes del genoma del virus con manifestaciones clínicas de Covid-19 como el grado de severidad o la carga viral.
Los virus mutan, y se construyen herramientas para detectar los cambios
La emergencia de variantes virales es un proceso natural de la evolución de los virus. Durante la última quincena de diciembre de 2020, tres variantes virales del coronavirus despertaron la atención de la comunidad científica y de los gobiernos nacionales: las denominadas VOC 202012/01 (linaje B.1.1.7), cuya muestra más reciente fue detectada en el Reino Unido el 20 de septiembre pasado, la 501Y.V2 (linaje B.1.351), detectada en Sudáfrica el 8 de octubre, y la variante de Río de Janeiro (derivada del linaje B.1.1.28), confirmada el mismo mes.
Cuando las variantes se presentan con cambios genéticos en regiones geográficas con circulación del virus, es preciso evaluar su posible impacto en la propagación viral, la capacidad de causar enfermedad más severa o la respuesta a la vacunación.
“Desde el proyecto ideamos una metodología para determinar en forma más rápida si estas variantes pudieron haber ingresado a nuestro país en algún momento a través de algún viajero. La estrategia consiste en secuenciar un fragmento pequeño que nos permite hacerlo más rápido sin necesidad de juntar gran cantidad de muestras para poder procesar en tiempo real”, explica Viegas.
Aplicando esta metodología, el Consorcio Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 realizó la secuenciación de genomas completos del virus procedentes de la ciudad de Santa Fe, Caba y Gran Buenos Aires entre el 10 y el 26 de diciembre de 2020. Todas las muestras correspondían a casos de circulación comunitaria.
Hasta el momento, no se detectaron los cambios en los marcadores de la proteína S (presente en los picos del virus, con afinidad de los receptores de las células que infecta) de la variante de Reino Unido.
“Es clave entender qué sucede en tiempo real en la interacción entre los virus que circulan en nuestro país y las vacunas para estar alertas si acaso emerge una variante viral que es resistente a las mismas” menciona Viegas.
40 laboratorios, 613 genomas determinados
Entre los avances más importantes del proyecto se destacan el desarrollo de una plataforma de difusión de resultados para la comunidad científica, la articulación con más de 40 laboratorios epidemiológicos de todo el país, la realización de protocolos para la secuenciación de los genomas virales, la determinación de los pasos bioinformáticos para el análisis de datos y la determinación de pautas de muestreo según la situación epidemiológica de las regiones estudiadas. Con este proyecto se logró obtener 613 genomas y se realizaron los análisis filogenéticos necesarios para poder determinar las distintas introducciones virales y el análisis de circulación local o comunitaria.
Uno de los agregados de valor del proyecto es la generación de datos en tiempo real. Desde el equipo de investigación han articulado con Inmunova, los desarrolladores del suero equipo hiperinmune (otro proyecto seleccionado y apoyado por la Agencia I+D+i) para acceder a la base de datos en tiempo real, poder detectar posibles mutaciones y mejorar la efectividad del tratamiento.
La información generada por el equipo de investigación está también disponible para los desarrolladores de kits de diagnóstico locales y para los grupos que están desarrollando vacunas.
