El ex presidente Carlos Menem indultó en su gobierno a ex comandantes de la última dictadura cívico-militar condenados por delitos de lesa humanidad y jefes de organizaciones guerrilleras, con el alegado propósito de alcanzar la «pacificación y la reconciliación nacional», pero no logró acallar el reclamo de Memoria, Verdad y Justicia por parte de las agrupaciones comprometidas con la defensa de los derechos humanos.
También fueron alcanzados por los decretos de indulto los militares carapintadas que se sublevaron contra el gobierno constitucional de Raúl Alfonsín en 1987 y 1988 y el ex ministro de Economía del régimen cívico-militar, José Alfredo Martínez de Hoz, a pesar de que la causa por la que estaba siendo investigado no tenía sentencia firme, lo que implicó una violación a la atribución presidencial de otorgar el perdón.
En las primeros semanas de su gobierno, que se inició de forma anticipada el 8 de julio de 1989, Menem anunció su intención de alcanzar una pacificación a través de la herramienta del indulto presidencial.
Esa decisión causó el categórico rechazo de los organismos de derechos humanos y de los familiares de las víctimas de la dictadura que gobernó Argentina entre 1976 y 1982, y también de la UCR, el principal partido opositor, que repudiaba el perdón a los militares que se habían sublevado durante la presidencia de Raúl Alfonsín y a los exjerarcas del régimen.
Los primeros meses de 1989 estuvieron signados por la hiperinflación, los saqueos a supermercados en el final de la gestión de Alfonsín, las corridas cambiarias y el endeudamiento.
El 9 de septiembre, cerca de 500 mil personas marcharon por la calles del centro de Buenos Aires y en Plaza Congreso se realizó un acto en el cual familiares de desaparecidos leyeron una carta a Menem en la cual le pedían que no firmara los indultos.
Pero los reclamos fueron desoídos y el 7 de octubre de 1989, el presidente firmó cuatro decretos por los cuales les otorgó el perdón a 220 militares y 70 civiles, entre ellos el general Leopoldo Galtieri, el almirante Jorge Isaac Anaya y el brigadier Basilio Lami Dozo, integrantes de la junta militar que condujo al país a la Guerra de Malvinas y que recibieron una condena por el rol que cumplieron durante el conflicto con Gran Bretaña de 1982.
También resultó beneficiado el general Carlos Guillermo Suárez Mason y los carapintadas amotinados de Semana Santa, Monte Caseros y Villa Martelli, entre ellos el coronel Mohamed Alí Seineldín y el teniente coronel Aldo Rico.
Esta decisión pareció consagrar la denominada «Teoría de los dos demonios» que equiparaba los crímenes de la represión ilegal cometidos por la dictadura con las acciones de las organizaciones armadas en los años 70
A pesar de haberse beneficiado con los indultos promulgados en octubre de 1989, los carapintadas volvieron a poner a prueba el orden democrático el 3 de diciembre de 1990, cuando se alzaron bajo la dirección de Seineldín, un militar nacionalista católico con el que Menem había coqueteado políticamente antes de asumir.
La última rebelión carapintada se produjo un día antes de la llegada al país del entonces presidente de Estados Unidos, George Bush, y fue sofocada a sangre y fuego por el gobierno de Menem, que conocía de antemano los planes de los sublevados.
A pesar del rechazo que habían generado los primeros indultos, Menem concretó la segunda tanda el 30 de diciembre de 1990, con otros seis decretos.
Recuperaron así la libertad Jorge Rafael Videla, Emilio Massera, Orlando Ramón Agosti, Roberto Viola y Armando Lambruschini, jerarcas militares que integraron las juntas y que habían recibido duras condenas por violaciones a los derechos humanos en el histórico juicio de 1985.
También recibió el indulto el líder montonero Mario Eduardo Firmenich, condenado por el secuestro del ex dictador Pedro Eugenio Aramburu; el general Ramón Camps, sentenciado por violaciones a los derechos humanos; Martínez de Hoz y la dirigente justicialista Norma Kennedy, procesada por malversación de fondos y sin condena firme.
El reclamo de los organismo de derechos humanos por «juicio y castigo a los culpables» no cesó durante los años de Menem y tras años de lucha se logró en 1998 la apertura de investigaciones por apropiaciones de niños llevadas a cabo en la dictadura.
Videla y otros ex jerarcas militares volvieron entonces a ser detenidos.
Terminado el gobierno de Menem, y pese a que la vigencia de las leyes de Punto Final, Obediencia Debida e Indultos anulaban la posibilidad de un juzgamiento a los autores de los delitos de lesa humanidad, se iniciaron en 2000 los «procesos de la verdad» que tuvieron la finalidad de conocer el destino de los detenidos-desaparecidos durante los años del terrorismo de Estado.
En 2003, el Congreso derogó las leyes de Punto Final, Obediencia debida y los indultos, previa declaración de inconstitucionalidad de parte de jueces, entre ellos Gabriel Cavallo.
Mientras se iniciaron los juicios de lesa humanidad, comenzó en paralelo un largo recorrido judicial que llevó a la Cámara de Casación Penal a ratificar los fallos de primera instancia contra los indultos de Menen hasta que, en 2010, la inconstitucionalidad de los indultos quedó firme por un fallo de la Corte Suprema.
