La Sesión de Reiki tradicional puede potenciarse con el uso de diversos cristales que pueden emplearse en cada uno de los chakras para limpiar, purificar, armonizar y trasmutar la energía que circula en el interior de cada uno de ellos. De este modo, la persona que recibe Reiki se beneficia con la energía que recibe de las manos del reikista a la cual se le añade la energía propia de cada cristal, con sus cualidades y características específicas, lo que permite a la persona fortalecer su energía vital, su ki.
Antes de emplear cada cristal en una sesión, el mismo es limpiado, purificado y programado con la energía vital del Universo (programado cuántico). Se lo purifica con diversos elementos como el agua que se lleva lo negativo y permite recibir la energía nueva para ser empleado este cristal en la persona que recibe la sesión de Reiki; luego se coloca la gema en una drusa de cristal de cuarzo preferentemente o la de otro cristal a elegir por el reikista. Así, el profesional selecciona especialmente para cada cristal, de acuerdo a sus características y propiedades específicas lo que cree necesario para cada caso.
Existen diversos cristales que son muy útiles en una sesión de Reiki de acuerdo a la dolencia que aqueja a la persona. Los cristales de colores oscuros como la obsidiana, la turmalina, el ónix y el hematite son excelentes aliados del reikista a la hora de quitar energías negativas existentes en el interior de cada chakra. Estos cristales de color negro se llevan todo residuo energético que impiden la armonía de cada chakra y de cada persona, purificándola por completo.
Para purificar el aura y potenciar la energía de cada cristal se utiliza un cristal maestro que lleva la energía más pura y limpia del Universo para desplazar la Energía Vital Universal al interior de cada cristal y al interior mismo de cada persona. Después, el profesional de Reiki procede a realizar la sesión de Reiki, colocando en cada chakra el cristal correspondiente de acuerdo a lo percibido por el reikista, según la necesidad de cada persona para aliviar las dolencias y malestares específicos.
Existen cristales específicos para los chakras superiores tales como el cristal de cuarzo o cuarzo hialino, el cuarzo blanco, el ópalo son excelentes para armonizar el chakra de la coronilla. Cristales como el lapislázuli son muy útiles para calmar las migrañas, relajar la mente e inducir la paz y la tranquilidad, permite que la persona se serene, relaje y se conecte con un estado meditativo que ingresa a la persona a medida que la sesión de Reiki avanza.
El zafiro azul, la turquesa y otros cristales de color azul son útiles para armonizar y trasmutar dolencias referidas a la garganta como resfríos, problemas en las cuerdas vocales, entre otros.
La amatista es una gema comodín ya que se la puede utilizar en cada chakra para trasmutar toda energía negativa en positiva, trasmutando todo dolor en bienestar, transformando la tristeza en alegría, serena la mente desbocada con las preocupaciones cotidianas, evita que nuestra mente ingrese en un vaivén de pensamientos que van del pasado al futuro, colocándonos en el presente, calma los miedos e inseguridades. Se la puede utilizar en cada chara para quitar emociones con energía negativa como la ira, el rencor, la inseguridad y dejando en el interior de la persona una paz infinita permitiendo trasmutar la energía negativa y disfrutar de las bendiciones del presente. Esta piedra permite purificar nuestro Asimismo, la persona puede seleccionar un cristal de su preferencia que el reikista sabrá utilizar convenientemente para armonizar determinado chakra. Así, existen diversos usos de las gemas en una sesión de Reiki, de acuerdo al malestar que aqueja a la persona o al beneficio que se quiere otorgar, purificando la energía vital de la persona al conectarla con la Energía Vital que proviene del Universo.